Software installation guides

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Author

Rui Yang

Published

September 16, 2025

Modified

September 16, 2025

1 Introduction

A collection of software installation guides.

1.1 Linux

1.1.1 BAMscale

  1. Install HTSlib
mkdir /data/softwares/BAMscale

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.21/htslib-1.21.tar.bz2
tar -xjvf htslib-1.21.tar.bz2
cd htslib-1.21
./configure --prefix=/data/softwares/BAMscale/htslib-1.21-for_BAMscale
make
make install
  1. Install libBigWig
git clone https://github.com/dpryan79/libBigWig.git
cd libBigWig
make
  1. Install BAMscale
export CPPFLAGS="-I /data/softwares/BAMscale/htslib-1.21-for_BAMscale/include -I /data/softwares/BAMscale/libBigWig"
export LDFLAGS="-L /data/softwares/BAMscale/htslib-1.21-for_BAMscale/lib -Wl,-rpath,/data/softwares/BAMscale/htslib-1.21-for_BAMscale/lib -L /data/softwares/BAMscale/libBigWig -Wl,-rpath,/data/softwares/BAMscale/libBigWig"

git clone https://github.com/ncbi/BAMscale.git
cd BAMscale
make

sudo ln -s /data/softwares/BAMscale/BAMscale/bin/BAMscale /usr/local/bin/BAMscale

注：利用gcc/g++编译程序时与编译和链接相关的环境变量和选项：

  • CPATH：冒号分隔的目录列表，全局配置编译时头文件（.h）搜索路径。

  • LIBRARY_PATH：冒号分隔的目录列表，全局配置编译时静态库（.a）和动态库（.so/.dylib）搜索路径。

  • LD_LIBRARY_PATH：冒号分隔的目录列表，全局配置运行时动态库文件搜索路径。

  • CPPFLAGS：传递 C preprocessor flags，如头文件路径（-I）和宏定义，只在“预处理”阶段生效。CPPFLAGS 显式传递给编译器，优先级高于 CPATH。

  • CFLAGS：传递 C compiler flags。控制编译器如何编译程序。

  • LDFLAGS：传递 linker flags，如添加编译时库文件路径（-L）、添加链接库（-l）、添加运行时库文件路径（-Wl，-rpath）。-L 应放在 -l 之前。-lhts 代表链接名为 libhts.so 或 libhts.a 的库。-Wl，-rpath 将路径硬编码到可执行文件，避免运行时依赖 LD_LIBRARY_PATH。

如果头文件/库文件存在于标准搜索路径则可不必指定，如/usr/include、/usr/lib、/usr/local/include、/usr/local/lib等。

1.2 Windows

1.3 MAC OS

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