Methods for adding MT genome and annotation

1. 如果公共数据库（e.g., Ensembl, NCBI）存在目标物种的 MT genome & annotation，则直接合并。

2. 如果公共数据库（e.g., Ensembl, NCBI）存在目标物种的近缘物种的 MT genome & annotation，也可直接合并。若追求准确性，可用下述方案。

3. 如果有 WGS 的 raw reads，可以利用 GetOrganelle（组装）或 MitoZ（组装 + 注释）来组装和注释线粒体基因组。

4. 如果已经组装好的基因组存在线粒体基因组序列（contig/scaffold），可以利用近缘物种的线粒体基因组序列来识别。

• 为组装基因组构建 blast 索引，然后利用 blastn 用近缘物种的线粒体基因组去识别，最终得到 identity 高（>80-90%），alignment length 长（~16kb）的 contig/scafoold。如果找到很多短的，identity 较低的片段，通常是 nuclear mitochondrial DNA segments，即插入到核基因组里的线粒体假基因。

• 利用 liftoff 使用近缘物种的线粒体基因组的注释进行同源映射或者利用 MitoZ 进行从头注释。